Основные события, происходящие через 45 дней после катастрофы, вращаются вокруг растущего конфликта между выжившими и Другими, продолжается противостояние науки и веры, ставшее темой нескольких серий. Некоторые загадки раскрываются, но появляются новые вопросы. Представлены новые персонажи, включая выживших из хвостовой части и других обитателей острова. Становится больше известно о необычной природе острова и о прошлом выживших. Выжившие исследуют бункер и узнают о существовании DHARMA Initiative и её покровителя — Фонда Хансо. Когда правда о загадочных Других начинает раскрываться, один из выживших предаёт своих друзей. Выясняется причина авиакатастрофы.